Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится заручиться помощью снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза в новом отряде 9-го отдела госбезопасности. Между двумя группами возникает соперничество.